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Análisis de Fragmentos

Equipo:

El servicio de secuenciación cuenta con un secuenciador automático de 4 capilares, ABI3130 (Applied Biosystems).


Análisis de fragmentos

El servicio se encarga de la etapa final de esta técnica la cual consiste en la determinación del tamaño de los fragmentos de ADN proporcionados por el usuario. Dicha determinación se realiza en relación a estándares internos que se añaden a las muestras cuando se analizan mediante electroforesis capilar. Se pueden utilizar hasta 5 marcadores fluorescentes simultáneamente (uno de ellos reservado para el marcador de tamaño molecular) y combinar diferentes tamaños en la misma muestra por lo que por cada capilar en una misma electroforesis se pueden analizar multitud de fragmentos


Química de análisis de fragmentos:

El servicio dispone de los siguientes marcadores de tamaño: LIZ 500 Y TAMRA 2500. Dispone de las siguientes matrices de análisis:

Química de Fragmentos

El servicio utiliza el polímero POP-7.

La estimación precisa de un tamaño depende del tipo de instrumento y pueden haber diferencias entre analizadores (ABI Prism 310, 313), polímeros (POP4, POP6, POP7). Por ello, es recomendable evitar cambiar de tipo de instrumento y química durante el desarrollo de un mismo proyecto.

Propiedades de los fluorocromos:

A continuación, se detallan algunos aspectos de utilidad a la hora de elegir un fluocromo u otro para marcar las parejas de primers de interés.

Detección multicolor. Intensidad relativa de los fluorocromos más utilizados.

Fluorocromos

Propiedades óptimas de los fluorcromos

  1. Deben tener Amax lo más diferente posible para:
    1. Facilitar la generación de las matrices/calibración espectral
  2. Deben ser lo más brillante posible:
    1. Aumentará la sensibilidad del ensayo
    2. Regla general: Azul>Verde >Amarillo > Rojo
  3. Deben ser lo más estable posible
    1. VIC es más estable que el HEX

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Teléfono: 5258049 int. 125

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